I grundtävlingen körde Västerviks danske stjärna in åtta poäng efter två heatsegrar och det innebar att han var bland de åtta som fick köra semifinal.
Där tog det dock stopp när Pedersen uteslöts sedan han gått omkull – av egen kraft – i en tuff duell med svenske Fredrik Lindgren.
Ett domslut som den trefaldige världsmästaren inte var speciellt nöjd med.
"Det är upp och ner. Jag ville mer än att gå till semifinal, men att ta sig så långt är inte dåligt trots allt. Jag vill lova er att det inte är över ännu. Jag kommer fortsätta att kämpa", skriver 40-åringen på sin Facebook-sida.
Slovenen Matej Zagar, som Västervik tagit in som ersättare för Pedersen i elitserien under en månad när det var osäkert med danskens handskada, missade semifinalen i och med att han slutade nia med sju poäng.
Fredrik Lindgren tog karriärens tredje GP-seger när han vann deltävlingen efter ett mycket dramatiskt finalheat.
Svensken jagade polacken Patryk Dudek och lyckades ta sig förbi på de absolut sista metrarna.
– Jag är mycket glad. Det var väldigt nära hela finalen, sa Lindgren till TV10 i segerintervjun.
Lördagens seger var Lindgrens tredje i GP-sammanhang. Den första tog han i Göteborg 2012. I fjol vann han GP-tävlingen i Warszawa.
Men svensken hade inte en helt enkel resa fram till segern. På de fyra första heaten noterade han tre andraplatser och en tredjeplats och han körde med kniven mot strupen i sitt femte heat för att nå semifinalen.
Där släppte det. Lindgren vann heatet före ryssen Emil Sajfutdinov och regerande världsmästaren Jason Doyle från Australien.
– Det var en tuff kväll som blev bättre och bättre, säger Lindgren.
Efter den första heatsegern var Lindgren ostoppbar. Han vann såväl semifinalen som finalen och fick höja segerpokalen, som förstås var i kristall eftersom tävlingen gick i Prag, mot skyn.
Framgången i Tjeckien gör att Lindgren behåller ledningen i VM-tabellen efter två deltävlingar, en poäng före britten Tai Woffinden som slutade fyra i finalen. (TT/VT)