Klindt fick inte någon bra start eftersom han körde in starttejpen i sitt första heat och blev därmed utesluten.
Totalt fick Klindt ihop sjunde poäng sedan han avslutat med en heatseger. Nionde platsen innebär att han är reserv till semifinalerna.
- Mitt mål var att vinna idag. Om man ignorerar de två första heaten så kämpade jag riktigt bra, men det var inte tillräckligt i slutändan, säger Nicolai Klindt till sin hemsida.
Kvartsfinalen vanns av Maksim Bogdanow, Lettland, på 15 poäng före Matej Kus, Tjeckien, som tog 13 poäng och trea kom ende svensken Ricky Kling på 12 poäng.
U 21 VM/U 19 EM-kvalet som avgjordes i lördags i Avesta blev ingen större lycka för Västerviks gästförare Tim Gudmundsson och Pontus Aspgren.
Båda fick ihop sex poäng och slutade på tionde och elfte plats. Tim är vidare i U 19 EM.