Enligt AFP utreds händelsen av polis men orden används vanligen av ultras-supportrar till Atlético.
"Sådana handlingar är motbjudande och oacceptabla och en skam för samhället", skriver Atlético på sin hemsida och fördömer händelsen.
Vinícius Júnior har haft det tufft med motståndarsupportrar tidigare. Vid flera tillfällen har rasistiska glåpord riktats mot brasilianen.
I september i fjol skrek åskådare på ett derby "du är en apa" till spelaren. Åklagare lade dock ner ärendet på grund av avsaknad av bevis.
I början på januari polisanmälde La liga Valladolids supportrar som skanderade rasistiska glåpord mot 22-åringen under en match precis innan årsskiftet. Ligan sade att man gett bevis i form av ljud och bild till en lokal domstol. Man vill också att Spaniens fotbollsförbund utreder händelsen och överväger ett möjligt straff för Valladolid.