Italienaren kom till Sverige och City i januari, först som assisterande tränare men senare som huvudansvarig.
Nu har han bestämt sig för att lämna laget.
– Jag kan bekräfta det, i övrigt vill jag inte ge några kommentarer, säger Marcelo Gallo.
Enligt uppgifter till Sporten valde Gallo att lämna föreningen i sympati med några spelare som fått lämna City efter ett möte i veckan.
Sportchefen Tore Eliasson låter överraskad när han nås av beskedet att Gallo lämnar.
– Jag är i Stockholm och har inte varit i Linköping på en vecka. Jag har ingen aning om vad som hänt, säger Tore Eliasson.
Linköping inleder säsongen med att möta Västerviks FF på bortaplan på söndag.