Föreningen bildades den 12 december 1943 och blev medlem i Riksidrottsförbundet den 5 augusti 1944.
Björka IF anslöt i juni till den nybildade föreningen.
Dansbanan, som anslutning till Idrottsplatsen Å-vallen, finansierade mycket av klubbens verksamhet på 1940- och 50-talet.
Orientering var stark en gren i HIF, men fotbollen fångade de flesta intressen. Fram tills klubben blev medlem av Smålands Fotbollförbund spelades pokalturneringar och vänskapsmatcher. 1955-78, 22 säsonger, spelade Helgenäs i seriespel i Småland. Bästa säsongen blev 1969 då klubben vann division 6, Västervik, och därmed väntade spel i division 5, nordöstra. Sejouren blev dock bara ett år.
21 av 22 säsonger spelade alltså Helgenäs i division 6, Västervik, med varierande resultat. Sex av säsongerna är laget med i toppen av serien.
Hemmamatcherna spelades på Å-vallen, men den var i för dåligt skick enligt förbundet för att spela i division 5. Därför spelades hemmamatcherna på Edsvallen i Edsbruk.
Inför säsongen 1977 gick Helgenäs IF ihop med Björnsholms GoIF och efter 1978 var det slut på seriespel i Helgenäs.
Även bandy, friidrott, orientering, skidor, bordtennis, innebandy och badminton har förekommit. Bordtennisen återuppstod 2013 för ungdomar och veteraner.
Det klubben gjorde sig mest känd för var de så kallade brödrarmatcherna. Dessa spelades från 1963 till 1999 med flera brödrarpar: Hellman, Larsson och Wickström.
Helgenäs IF är numera verksam som en social förening, Byalag, med olika verksamheter i Helgenäs.