Klubben bildades den 13 september 1936. Stadgarna berättar att klubben skulle idka fotboll, bandy och allmän idrott. Efter tio år som egen förening ansökte Skeppsgårdens IF om inträde i Riksidrottsförbundet och det beviljades den 21 augusti 1946.
Protokollen genom åren visade att klubben idkade skidåkning och orientering i en blygsam skala. Vid årsmötet den 10 oktober 1959 beslutades att föreningen skulle starta en bordtennissektion.
Detta möte var det sista mötet som genomfördes på hela sju år och styrelsen sågs inte igen förrän den 17 februari 1966.
Trots att Skeppsgårdens IF existerade under många år och fotbollen var huvudgrenen, så deltog föreningen aldrig i något organiserat seriespel. Varken hos Smålands Fotbollförbund, där föreningen var medlem, eller hos Östergötlands Fotbollförbund.
Den största anledningen till detta var med all säkerhet klubbens problem med att få till en fullstor fotbollsplan. Under åren förhandlade styrelsen med ett stort antal markägare om att få hyra åkermark för att kunna spela fotboll på.
I fotbollskalendern från 1958 står det att fotbollsplanen i Skeppsgården var av måtten 65 x 45 meter. Detta var långt ifrån godkända mått för att kunna delta i seriespel.
Den 14 februari 1976 begärde styrelsen för Skeppsgårdens IF utträde från både Svenska Bordtennisförbundet samt Riksidrottsförbundet. Därmed lades klubben ned 40 år efter att den hade bildats.