Sköldpaddorna var avsedda för vidare försäljning i Sydostasien.
Enligt myndigheterna rör det sig om 400 sköldpaddor till ett värde av motsvarande 8,5 miljoner kronor.
Över hela Asien anser många att sköldpaddor ger lycka och välstånd.
– Det här är det största beslaget under de senaste tio åren, säger Abdul Kadir, generaldirektör för landets djurvårdsmyndighet.
Reptilerna tros ha smugglats från Indien, Pakistan, Bangladesh och Nepal och skulle säljas vidare till Thailand och Indonesien.