Spahn, som har förkylningsliknande symptom, testades positivt för viruset under onsdagen. Han befinner sig nu i karantän i hemmet.
Hälsoministern har informerat förbundskansler Angela Merkel om sin diagnos.
Spahn deltog i ett regeringssammanträde tidigare under dagen. Men andra ministrar ska inte behöva sätta sig själva i karantän, enligt en talesperson för regeringen.
Smittspridningen har ökat kraftigt i Tyskland de senaste veckorna.