Beskedet om avgången kommer efter dagar av ökad press på Phil Hogan. Han har bett om ursäkt tre gånger för att i förra veckan ha deltagit i det irländska parlamentets golfsällskaps pampiga fest i Clifden.
Tillställningen samlade 82 domare, politiker och andra uppsatta personer.
Dagen före hade den irländska regeringens skärpta pandemiregler trätt i kraft – regler som bland annat slår fast att högst sex personer får samlas inomhus och femton utomhus. Detta eftersom antalet fall av virussjukdomen covid-19 växer i landet.
Golffesten fångades upp av tidningen The Irish Examiner och polis inledde en utredning om brott. De första att avgå var jordbruksminister Dara Calleary och överhusets vice ordförande Jerry Buttimer.
Phil Hogan hade dessutom rest in i landet utan att respektera den obligatoriska självisoleringen på två veckor.
Sedan premiärminister Micheál Martin uttryckt sitt missnöje och EU-kommissionens ordförande Ursula von der Leyen bett sin handelskommissionär om en detaljerad redogörelse för hans 20 dagar långa resa, fann Phil Hogan det för gott att kasta in handduken.
I ett uttalande sent på onsdagskvällen motiverar Phil Hogan avgången:
"Det stod alltmer klart att kontroversen kring mitt senaste besök i Irland blev en distraktion från mitt arbete som EU-kommissionär och skulle undergräva mitt arbete under de kommande mycket viktiga månaderna."