Varningen gäller hela området – men högst nivåer väntas i vikar och områden som benämns som utsatta av SMHI.
Enligt institutet kan vattenståndet komma att ligga cirka en meter över årets medelvattenstånd i området. Varningen gäller under natten till onsdagen och onsdag morgon.
Jim Karlsson, räddningsskeppare vid Sjöräddningssällskapet i Arkösund, säger att det kan bli problem med kombinationen blåst och högvatten.
– Vi har redan skyltar som ligger under vatten och värre blir det. Nu är det vindstilla men i kväll och i natt väntas det stormbyar. I och med att vattnet trycks in från havet stiger vattennivån ytterligare, säger han.
Jim räknar med att en och annan uppdragen fritidsbåt, vindsurfingbräda och flytbrygga lär flyta iväg med högvattnet.
– Kajerna är stabila. Men bryggor kan hamna under vatten. Likaså elektroniken om vattnet stiger på tomterna, berättar Jim Karlsson.
Enligt SMHI innebär en klass 2-varning risk för att kustvägar och hamnar blir översvämmade. Klass 2-varning är den allvarligaste varningsklassen för högt havsvattenstånd.
Före och efter väntas klass 1-nivåer på vattenståndet, vilket enligt SMHI innebär en risk för att småbåtsbryggor och kajer översvämmas.
Förutom varningen för högt vattenstånd har SMHI även utfärdat en klass 1-varning för kuling, som kan vara farligt för fritidsbåtar och små yrkesfartyg.
I mellersta Östersjön har SMHI även här utfärdat en klass 1-varning för kuling samt en klass 1-varning för högt vattenstånd.