I en övertänd byggnad intill södra stambanan står flera gastuber.
Stoppet drabbar resande mellan Stockholm och Malmö.
Fyra-fem timmar under fredagsmorgonen är trafiken avstängd förbi Nässjö, var räddningsledarens besked till polisen i Jönköpings län vid femtiden.
En lokförare slog larm om branden strax efter klockan fyra. Räddningstjänsten kyler gastuberna med vattenkanoner.