Det är tågföraren som larmade om händelsen och har för räddningstjänsten uppgett att hen uppfattade att något dök upp på spåret.
Vad det var, kan däremot kan föraren inte säga.
– Hela räddningsstyrkan i Kisa är ute och söker efter vad det kan ha varit, säger räddningsledaren Teo Jakupovic.
Räddningsstyrkan består av sex personer och i sökarbetet deltar också ambulanspersonal.
Larmet kom till SOS strax efter kl halv sex på söndagseftermiddagen. Tåget med avgångstid 16.24 var på väg från Linköping till Vimmerby och Kalmar. Händelsen inträffade precis vid infarten till Kisa.
Tåget undersöktes vid Kisa station men fortsatte senare mot sitt mål.
Vid 18.30-tiden hade räddningsstyrkan i Kisa fortfarande inte hittat något misstänkt och avbröt sin insats. Polisen fortsätta att söka i området med hundpatrull under kvällen. Vid klockan 21 meddelade man dock att man lämnat platsen efter att ha gjort bedömningen att det var ett rådjur som blivit påkört.