Det har länge varit förenat med ekonomiska uppoffringar för rederier att flagga sina fartyg svenskt. Skattereglerna bidrog till att antalet fartyg i den svenska handelsflottan minskade från 254 till 89 mellan 2001 och 2017. Flera svenska rederier valde i stället att flagga ut fartygen till bland annat Danmark. Men 2018 bröts trenden och antalet fartyg som tar emot svenskt sjöfartsstöd är på väg uppåt igen, mycket tack vare tonnageskatten som infördes 2017.
De rederier som har sin strategiska och ekonomiska ledning i Sverige, samt uppfyller vissa andra krav, kan välja att tonnagebeskattas i stället för att betala konventionell skatt. Tonnagebeskattningen är fördelaktig på så vis att utgifterna är lättare att förutse för företagen, eftersom de bestäms schablonmässigt utifrån fartygens last- och passagerarkapacitet. Den ekonomiska vinsten eller förlusten spelar alltså ingen roll för skattesatsen.
Den övervägande anledningen till att införa den särskilda tonnageskatten för sjöfarten är att den blivit norm i EU. Det är ett sätt för länder med högt skattetryck att vara konkurrenskraftiga även i den internationella sjöfartsbranschen. Detta innebär i sin tur att svenskflaggade fartyg följer svenska arbetsvillkor och annan nationell lagstiftning, vilket i förlängningen öppnar för fler svenska arbetstillfällen i de anslutande verksamheterna.
2001 infördes sjöfartsstödet med syftet att förbättra konkurrensförutsättningarna för de svenskflaggade fartygen. Det statliga stödet sänker i praktiken kostnaderna för bland annat arbetsgivaravgifter, för att kunna matcha de lägre avgifter som finns i andra länder. Men värt att notera är att antalet fartyg i den svenskflaggade fartygsflottan sjönk trots stödet, och det krävdes alltså enklare beskattning i form av tonnageskatt för att svensk flagg skulle bli tillräckligt fördelaktig för rederierna.
För att ta ytterligare steg i rätt riktning bör Sverige på sikt avveckla sjöfartsstödet och införa ett internationellt sjöfartsregister parallellt med det nationella. I det internationella registret kan utländsk personal anställas enligt hemlandets villkor, vilket skulle locka ännu fler att registrera sig i Sverige. Andelen inhemsk personal i de lågkvalificerade yrkena på fartygen skulle visserligen minska, men med ett krav på svenska fartygsbefäl skulle den högre kompetensen och ett maritimt kluster finnas kvar i landet. Detta samtidigt som arbetsmöjligheterna i de anslutande verksamheterna på land i Sverige skulle öka.
Så länge de kostnader som är förenade med svenskflaggade fartyg kompenseras för eller försvinner finns betydande fördelar med att följa det svenska systemet och svensk rätt. Många företagare vill dessutom av rent känslomässiga skäl flagga sina fartyg svenskt, men det är svårt att bortse från negativa ekonomiska förutsättningar. Det minsta svenska lagstiftare kan göra är då att säkra att svensk flagg inte har sämre villkor än andra likvärdiga nationer på den internationella sjöfartsmarknaden.