Den tidigare nivån motsvarar "potentiellt hot" mot israeler som reser till evenemanget, och den nya nivån motsvarar "måttligt hot".
Resevarningen gäller endast under den tid Eurovision pågår, men säkerhetsrådet uppmanar den som har planer på att resa till Malmö under perioden att tänka över om resan är nödvändig.
Per-Erik Ebbeståhl, hållbarhets- och trygghetsdirektör på Malmö stad, säger till Expressen att det är olyckligt att Malmö uppfattas på det sättet. Han säger att de israeler som besöker staden inte har någon anledning till oro.
– Vi har haft en dialog med Israels säkerhetsfunktioner under en längre tid. Vi uppfattar att de har en bra bild av det säkerhetsarbete som pågår i Malmö och är nöjda med det, säger han till tidningen.
Säkerhetsrådet uppmanar även alla som väljer att resa att ladda ned rådets särskilda app för att hålla sig uppdaterade.
Deltävlingarna Eurovision Song Contest startar den 7 maj, men festligheterna drar i gång redan i helgen.